Japanski jezik se na Filozofskom fakultetu u Zagrebu mogao učiti od 1995. godine u sklopu kolegija otvorenog za javnost. Studij japanologije je pak ustrojen kao slobodni studij i pridružen Odsjeku za indologiju i dalekoistočne studije (danas Odsjek za azijske studije) odlukom Vijeća Filozofskog fakulteta 2004. godine.

Pravo upisa na slobodni studij imali su studenti već upisani u V. semestar nekog sveučilišnog programa, kao i oni koji su već diplomirali. Studenti su, uz jezične kolegije koji su se održavali četiri puta tjedno, slušali i kolegije iz japanske povijesti, književnosti, kulture, suvremenog japanskog društva te japanskih religija i filozofija.  Po završetku programa dobivali su certifikat s popisom svih obaveza i ocjena iz položenih kolegija. Određeni broj studenata svoj je studij nastavljao na Sveučilištu u Ljubljani ili raznim sveučilištima u Japanu.

Osim nastavnih obaveza, Katedra za japanologiju već više od dvadeset godina u suradnji s Veleposlanstvom Japana i Hrvatskim društvom nastavnika japanskog jezika na Filozofskom fakulteta organizira provođenje Natjecanja iz govorništva japanskog jezika (日本語スピーチコンテスト). Od svoga osnutka usko surađuje i s Japanskom fondacijom koja je svojim donacijama u vidu knjiga, organizacijom stručnih usavršavanja za nastavnike te podrškom u širenju nastavničkog kadra umnogome pomogla u održavanju i jačanju katedre.

Slobodni studij japanologije je, nakon uspješno provedene akreditacije, od akademske godine 2024/2025 preustrojen u redovni prijediplomski i diplomski dvopredmetni studij.